Occorre precisare che l’integrazione tra le due realtà, Laboratorio-CNR e Istituto (Dipartimento) di Matematica dell’Università, è sempre stata una esigenza primaria del direttore fondatore dell'Istituto, prof. Enrico Magenes, e dei direttori succedutisi dopo di lui. Questa esigenza fu rispettata anche quando negli anni '90 il CNR decise di costruire un edificio in cui ospitare il Laboratorio, diventato nel frattempo Istituto di Analisi Numerica del CNR (IAN-CNR). L’edificio venne infatti costruito in contiguità con quello del Dipartimento di Matematica di nuova costruzione all'interno del nuovo polo scientifico. Ovviamente nella progettazione del nuovo edificio furono previsti anche locali appositi per ospitare la Biblioteca, che diventò quindi anche fisicamente parte integrante dell'Istituto. E per non interrompere l'idea originale di integrazione, fu realizzato un passaggio diretto tra i due edifici proprio in corrispondenza delle due Biblioteche.
Con la realizzazione dei locali espressamente dedicati alla Biblioteca nella nuova sede dell'IAN-CNR venne finalmente riunito tutto il patrimonio bibliografico che, comunque, era già stato organizzato e suddiviso pochi anni prima, nel 1994, al momento del trasferimento dell'Istituto nel nuovo edificio del Dipartimento di Matematica, dalla sede storica nel nucleo centrale dell'Ateneo pavese, al nuovo polo scientifico in località Cravino.