La Biblioteca dell'IMATI, così come è ora, è stata allestita nell'anno 2000 quando l'Istituto è stato "separato" dal Dipartimento di Matematica dell'Università di Pavia, che lo ha ospitato fin dalla sua nascita.
Nella nuova sede si era finalmente riunito tutto il suo patrimonio bibliografico, che era già stato organizzato e suddiviso pochi anni prima, al momento del trasferimento nel nuovo edificio del Dipartimento di Matematica. Ma già a partire dal 1995, con la revisione del catalogo cartaceo, si iniziò a pensare ad un certo tipo di automazione della Biblioteca. Un primo passo fu l'ínstallazione di un software per la gestione inventariale. Il software in questione era già ampiamente in uso al Dipartimento di Matematica dell'Università e consentiva, anche se solamente sul computer dell'utente addetto alla registrazione inventariale, di poter fare ricerche per titolo, per autore, per collocazione, ecc. Il lavoro di inserimento dei dati bibliografici e amministrativi nel gestionale durò parecchi mesi, ma permise al personale della biblioteca di non dover dipendere esclusivamente da un catalogo cartaceo e fu già un bel passo avanti! Proprio in prospettiva della nuova Biblioteca, intorno al 1999 prese vita l'idea di dotarsi di un catalogo che potesse essere accessibile a tutti gli utenti e non solamente al bibliotecario e che magari supportasse anche la parte amministrativa e inventariale. Si optò per un software, Aleph, un ILS tra i più avanzati in circolazione e che rispondeva perfettamente ai requisiti che erano stati indicati al momento della sua scelta. Si trattava di un programma "client-server" che integrava tutte le funzioni di una biblioteca, dall'acquisizione, alla catalogazione (USMARC), al prestito e che era già stato adottato da importanti biblioteche come quella dell’Università Bocconi, l'Università di Genova, la Biblioteca Vaticana e molte altre Biblioteche dislocate in Europa e negli USA.
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Nota: Si ringrazia la dott.ssa Gianna Gazzaniga per gli spunti storici