La gestione della Biblioteca subì un po’ lo stesso destino della sua collocazione fisica. Nei primi anni di vita del Laboratorio, essa venne affidata alla buona volontà dei ricercatori che a turno dedicavano parte del loro tempo alla scelta dei volumi e delle riviste da acquistare ed alla loro "catalogazione". Quest’ultima veniva fatta con criteri puramente di comodità di consultazione e non seguiva alcun criterio ufficiale. Anche la gestione dei prestiti avveniva in modo molto pragmatico: l’utente si limitava a prendere il libro oppure la rivista di suo interesse ed a mettere al suo posto l’indicazione del suo nome e della data del prelievo.
Tutto ciò era ispirato anche dalla volontà del prof. Magenes di gestire il nuovo Istituto come una “famiglia”, formata da persone interessate a collaborare gli uni con gli altri nell’interesse dell'attività di ricerca che in quel momento era attiva presso l'Istituto. Egli per primo voleva vedere i volumi acquistati e sfogliava ogni nuovo numero delle riviste scientifiche, avvisando il diretto interessato quando gli sembrava di trovare articoli che gli potessero essere utili. La comodità di accesso di “tutti” a “tutto” il patrimonio bibliografico dell’Istituto era funzionale proprio a questo scopo.